Die Insel galt während der Hansezeit als Fluchtort von Piraten. Von dem bekannten Seeräuber Klaus Störtebeker heißt es in der Literatur, er habe südlich der Insel einen Schatz vergraben. Mit den Grafen von Ostfriesland lagen die Inselbewohner im ständigen Streit in Bezug auf die Zahlung von Anteilen an Strandungsgütern, die zu dieser Zeit nahezu die einzige Einnahmequelle der Borkumer darstellten. Im 18. Jahrhundert brachte der Walfang vielen Borkumern, die meistens auf niederländischen Walfangschiffen als erfolgreiche Kapitäne und Harpuniere tätig waren, einen gewissen Wohlstand ein. Viele Straßennamen auf Borkum, aber auch aus Walkiefern hergestellte Zäune (der imposanteste „Walfischzaun“ umfasst das ehemalige Haus von Roelof Gerritsz Meyer, der mit seiner Mannschaft auf 42 Fahrten rund 270 Wale erlegte) und ähnliche Relikte zeugen von dieser Zeit. Im 18. Jahrhundert jedoch ließ der Walfang zunächst nach und wurde auf Grund des holländisch-englischen Seekriegs endgültig eingestellt. In der Folge setzte auf der Insel Armut ein, und viele Einwohner verließen ihre Heimat. Die Einwohnerzahl erreichte gegen 1811 einen Tiefstand von rund 400 Personen.
